بسیاری از درمانهای اصلاحکنندۀ بیماری که برای درمان ام اس استفاده میشوند موجب ایجاد عوارض زیادی نیز می گردند. انتخاب درمان مناسب به بسیاری از عوامل، از جمله مدت زمان و شدت بیماری، اثربخشی درمانهای پیشین ام اس،هزینه، سایرعوامل مرتبط با سلامت، و وضعیت باروری فرد، بستگی دارد.