این موضوع که آیا واکسن آنفولانزا موجب اختلال اوتیسم می گردد همچنان موضوع مورد بحث محققان است. دادههای حیوانی اخیر حدس وجـــود یک پیوند میان فعال شدن ایمنی دوران بارداری و ناهنجاریهای رشد عصبی را فراهم آورده است. در انسان، عفونت مادر، محتملترین علت فعال شدن ایمنی است و ممکن است به بروز مشکلات رشد عصبی از جمله نابسامانی اختلال طیف اوتیسم (ASD) منتهی شود. محققان همراهیهای میان رویدادهای دوران بارداری و پس از زایمان را در کودکانی بررسی کرده اند که در فاصلۀ 1997تا 2003در همنوای آیندهنگر تولد ملی دانمارک به دنیا آمده بودند. با مادران در مورد تماسها در هفتۀ17 و 32 بارداری و 6ماه پس از زایمان مصاحبه شد. تشخیص موارد اختلال طیف اوتیسم در کودکان از دفتر ثبت روانپزشکی دانمارک شناسایی شد.
ارتباط میان واکسن و اختلال طیف اوتیسم :
از 96736کودک 8تا14ساله، 976 نفر دارای تشخیص اختلال طیف اوتیسم بودند( 342مورد اوتیسم شیرخواران). عفونتهای جزیی مادر مانند التهاب مثانه، زگیل تناسلی و عفونت با مخمرها با اختلال طیف اوتیسم یا اوتیسم شیرخواران همراه نبود. اما تب طولانی(بیش از7روز) به طور قابل توجه با افزایش احتمال اختلال طیف اوتیسم و اوتیسم شیرخواران ارتباط داشت. استفاده از واکسن های پنیسیلین و سولفونامید در دوران بارداری با افزایش اندک احتمال ASD همراه بود و مصرف ماکرولید با افزایش احتمال اوتیسم شیرخواران ارتباط داشت. کسالت آنفلوانزا بنا به گزارش خود بیمار در دوران بارداری نیز با افزایش احتمال اوتیسم شیرخواران مرتبط بود.
